params.h File Reference

#include <nvBowtie/bowtie2/cuda/scoring.h>
#include <string.h>
#include <string>
#include <map>

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Classes
struct	nvbio::bowtie2::cuda::ParamsPOD
struct	nvbio::bowtie2::cuda::Params

Namespaces
	nvbio
	Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
	nvbio::bowtie2
	nvbio::bowtie2::cuda

Enumerations
enum	nvbio::bowtie2::cuda::MappingMode { nvbio::bowtie2::cuda::BestMappingApprox = 0, nvbio::bowtie2::cuda::BestMappingExact = 1, nvbio::bowtie2::cuda::AllMapping = 2 }
enum	nvbio::bowtie2::cuda::ScoringMode { nvbio::bowtie2::cuda::EditDistanceMode = 0, nvbio::bowtie2::cuda::SmithWatermanMode = 1 }

Functions
const char *	nvbio::bowtie2::cuda::mapping_mode (const uint32 mode)
uint32	nvbio::bowtie2::cuda::mapping_mode (const char *str)
const char *	nvbio::bowtie2::cuda::scoring_mode (const uint32 mode)
uint32	nvbio::bowtie2::cuda::scoring_mode (const char *str)
std::map< std::string, std::string >	nvbio::bowtie2::cuda::load_options (const char *name)
void	nvbio::bowtie2::cuda::parse_options (Params &params, const std::map< std::string, std::string > &options, bool init)