NVBIO
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params.h File Reference
#include <nvBowtie/bowtie2/cuda/scoring.h>
#include <string.h>
#include <string>
#include <map>

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Classes

struct  nvbio::bowtie2::cuda::ParamsPOD
 
struct  nvbio::bowtie2::cuda::Params
 

Namespaces

 nvbio
 Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
 
 nvbio::bowtie2
 
 nvbio::bowtie2::cuda
 

Enumerations

enum  nvbio::bowtie2::cuda::MappingMode { nvbio::bowtie2::cuda::BestMappingApprox = 0, nvbio::bowtie2::cuda::BestMappingExact = 1, nvbio::bowtie2::cuda::AllMapping = 2 }
 
enum  nvbio::bowtie2::cuda::ScoringMode { nvbio::bowtie2::cuda::EditDistanceMode = 0, nvbio::bowtie2::cuda::SmithWatermanMode = 1 }
 

Functions

const char * nvbio::bowtie2::cuda::mapping_mode (const uint32 mode)
 
uint32 nvbio::bowtie2::cuda::mapping_mode (const char *str)
 
const char * nvbio::bowtie2::cuda::scoring_mode (const uint32 mode)
 
uint32 nvbio::bowtie2::cuda::scoring_mode (const char *str)
 
std::map< std::string,
std::string > 
nvbio::bowtie2::cuda::load_options (const char *name)
 
void nvbio::bowtie2::cuda::parse_options (Params &params, const std::map< std::string, std::string > &options, bool init)