reads.h File Reference

#include <nvbio/basic/strided_iterator.h>
#include <nvbio/basic/packedstream.h>
#include <nvbio/basic/vector_view.h>
#include <nvbio/strings/string_set.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <vector>

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Classes
struct	nvbio::io::ReadDataView< IndexIterator, ReadStorageIterator, QualStorageIterator, NameStorageIterator >
struct	nvbio::io::ReadData
struct	nvbio::io::ReadDataRAM
struct	nvbio::io::ReadDataDevice
struct	nvbio::io::ReadDataStream

Namespaces
	nvbio
	Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
	nvbio::io

Typedefs
typedef ReadDataView< uint32 *, uint32 *, char *, char * >	nvbio::io::ReadDataCore
typedef ReadDataRAM	nvbio::io::ReadDataHost
typedef ReadDataDevice	nvbio::io::ReadDataCUDA

Enumerations
enum	nvbio::io::QualityEncoding {   nvbio::io::Phred = 0, nvbio::io::Phred33 = 1, nvbio::io::Phred64 = 2, nvbio::io::Solexa = 3,   nvbio::io::Phred = 0, nvbio::io::Phred33 = 1, nvbio::io::Phred64 = 2, nvbio::io::Solexa = 3 }
enum	nvbio::io::ReadEncoding { nvbio::io::FORWARD = 0x0001, nvbio::io::REVERSE = 0x0002, nvbio::io::FORWARD_COMPLEMENT = 0x0004, nvbio::io::REVERSE_COMPLEMENT = 0x0008 }
enum	nvbio::io::PairedEndPolicy {   nvbio::io::PE_POLICY_FF = 0, nvbio::io::PE_POLICY_FR = 1, nvbio::io::PE_POLICY_RF = 2, nvbio::io::PE_POLICY_RR = 3,   nvbio::io::PE_POLICY_FF = 0, nvbio::io::PE_POLICY_FR = 1, nvbio::io::PE_POLICY_RF = 2, nvbio::io::PE_POLICY_RR = 3 }

Functions
ReadDataStream *	nvbio::io::open_read_file (const char *read_file_name, const QualityEncoding qualities, const uint32 max_reads, const uint32 truncate_read_len, const ReadEncoding flags)
io::ReadData::plain_view_type	nvbio::plain_view (io::ReadData &read_data)
io::ReadData::const_plain_view_type	nvbio::plain_view (const io::ReadData &read_data)