sequence.h File Reference

#include <nvbio/strings/alphabet.h>
#include <nvbio/io/sequence/sequence_traits.h>
#include <nvbio/basic/packedstream.h>
#include <nvbio/basic/vector_view.h>
#include <nvbio/basic/vector.h>
#include <nvbio/basic/cuda/ldg.h>
#include <nvbio/strings/string_set.h>
#include <nvbio/io/sequence/sequence_access.h>

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Classes
struct	nvbio::io::SequenceDataInfo
struct	nvbio::io::SequenceDataViewCore< IndexIterator, SequenceStorageIterator, QualStorageIterator, NameStorageIterator >
struct	nvbio::io::SequenceData
struct	nvbio::io::SequenceDataStorage< system_tag >
struct	nvbio::io::SequenceDataInputStream
struct	nvbio::io::SequenceDataOutputStream

Namespaces
	nvbio
	Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
	nvbio::io

Typedefs
typedef SequenceDataViewCore < uint32 *, uint32 *, char *, char * >	nvbio::io::SequenceDataView
	A non-const SequenceData view More...
typedef SequenceDataViewCore < const uint32 *, const uint32 *, const char *, const char * >	nvbio::io::ConstSequenceDataView
	A const SequenceData view More...
typedef SequenceDataViewCore < cuda::ldg_pointer< uint32 > , cuda::ldg_pointer< uint32 > , const char *, const char * >	nvbio::io::LdgSequenceDataView
	An LDG-based SequenceData view More...
typedef SequenceDataStorage < host_tag >	nvbio::io::SequenceDataHost
	a SequenceData object stored in host memory More...
typedef SequenceDataStorage < device_tag >	nvbio::io::SequenceDataDevice
	a SequenceData object stored in device memory More...
typedef SequenceDataInputStream	nvbio::io::SequenceDataStream

Enumerations
enum	nvbio::io::QualityEncoding {   nvbio::io::Phred = 0, nvbio::io::Phred33 = 1, nvbio::io::Phred64 = 2, nvbio::io::Solexa = 3,   nvbio::io::Phred = 0, nvbio::io::Phred33 = 1, nvbio::io::Phred64 = 2, nvbio::io::Solexa = 3 }
enum	nvbio::io::SequenceEncoding { nvbio::io::FORWARD = 0x0001, nvbio::io::REVERSE = 0x0002, nvbio::io::FORWARD_COMPLEMENT = 0x0004, nvbio::io::REVERSE_COMPLEMENT = 0x0008 }
enum	nvbio::io::SequenceFlags { nvbio::io::SEQUENCE_DATA = 0x0001, nvbio::io::SEQUENCE_QUALS = 0x0002, nvbio::io::SEQUENCE_NAMES = 0x0004 }
enum	nvbio::io::PairedEndPolicy {   nvbio::io::PE_POLICY_FF = 0, nvbio::io::PE_POLICY_FR = 1, nvbio::io::PE_POLICY_RF = 2, nvbio::io::PE_POLICY_RR = 3,   nvbio::io::PE_POLICY_FF = 0, nvbio::io::PE_POLICY_FR = 1, nvbio::io::PE_POLICY_RF = 2, nvbio::io::PE_POLICY_RR = 3 }

Functions
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE bool	nvbio::io::operator== (const SequenceDataInfo &op1, const SequenceDataInfo &op2)
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE bool	nvbio::io::operator!= (const SequenceDataInfo &op1, const SequenceDataInfo &op2)
io::SequenceData::plain_view_type	nvbio::plain_view (io::SequenceData &sequence_data)
io::SequenceData::const_plain_view_type	nvbio::plain_view (const io::SequenceData &sequence_data)
template<typename system_tag >
io::SequenceDataStorage < system_tag > ::plain_view_type	nvbio::plain_view (io::SequenceDataStorage< system_tag > &sequence_data)
template<typename system_tag >
io::SequenceDataStorage < system_tag > ::const_plain_view_type	nvbio::plain_view (const io::SequenceDataStorage< system_tag > &sequence_data)