sequence_sam.h File Reference

#include <zlib/zlib.h>
#include <nvbio/io/sequence/sequence.h>
#include <nvbio/io/sequence/sequence_priv.h>
#include <nvbio/basic/console.h>

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Classes
struct	nvbio::io::SequenceDataFile_SAM

Namespaces
	nvbio
	Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
	nvbio::io

Enumerations
enum	nvbio::io::AlignmentFlags {   nvbio::io::SAMFlag_MultipleSegments = 0x1, nvbio::io::SAMFlag_AllSegmentsAligned = 0x2, nvbio::io::SAMFlag_SegmentUnmapped = 0x4, nvbio::io::SAMFlag_NextSegmentUnmapped = 0x8,   nvbio::io::SAMFlag_ReverseComplemented = 0x10, nvbio::io::SAMFlag_NextSegmentReverseComplemented = 0x20, nvbio::io::SAMFlag_FirstSegment = 0x40, nvbio::io::SAMFlag_LastSegment = 0x80,   nvbio::io::SAMFlag_SecondaryAlignment = 0x100, nvbio::io::SAMFlag_FailedQC = 0x200, nvbio::io::SAMFlag_Duplicate = 0x400, nvbio::io::SAMFlag_MultipleSegments = 0x1,   nvbio::io::SAMFlag_AllSegmentsAligned = 0x2, nvbio::io::SAMFlag_SegmentUnmapped = 0x4, nvbio::io::SAMFlag_NextSegmentUnmapped = 0x8, nvbio::io::SAMFlag_ReverseComplemented = 0x10,   nvbio::io::SAMFlag_NextSegmentReverseComplemented = 0x20, nvbio::io::SAMFlag_FirstSegment = 0x40, nvbio::io::SAMFlag_LastSegment = 0x80, nvbio::io::SAMFlag_SecondaryAlignment = 0x100,   nvbio::io::SAMFlag_FailedQC = 0x200, nvbio::io::SAMFlag_Duplicate = 0x400 }