alignments.h File Reference

#include <nvbio/basic/cuda/arch.h>
#include <nvbio/basic/cached_iterator.h>
#include <nvbio/basic/packedstream.h>
#include <nvbio/basic/pod.h>
#include <algorithm>
#include <nvbio/io/alignments_inl.h>

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Classes
struct	nvbio::io::Cigar
struct	nvbio::io::Alignment
struct	nvbio::io::AlignmentCompare
struct	nvbio::io::BestAlignments
struct	nvbio::io::PairedAlignments
struct	nvbio::io::BestPairedAlignments
struct	nvbio::io::has_second
struct	nvbio::io::has_second_paired
struct	nvbio::io::has_second_unpaired
struct	nvbio::io::is_paired
struct	nvbio::io::is_unpaired
struct	nvbio::io::is_concordant
struct	nvbio::io::is_discordant
struct	nvbio::io::is_not_concordant
struct	nvbio::io::is_aligned
struct	nvbio::pod_type< io::Alignment >
struct	nvbio::pod_type< io::BestAlignments >

Namespaces
	nvbio
	Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
	nvbio::io

Enumerations
enum	nvbio::io::MDS_OP {   nvbio::io::MDS_MATCH = 0, nvbio::io::MDS_MISMATCH = 1, nvbio::io::MDS_INSERTION = 2, nvbio::io::MDS_DELETION = 3,   nvbio::io::MDS_INVALID = 4 }

Functions
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE bool	nvbio::io::distinct_alignments (const uint32 pos1, const bool rc1, const uint32 pos2, const bool rc2, const uint32 dist)
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE bool	nvbio::io::distinct_alignments (const uint32 apos1, const uint32 opos1, const bool arc1, const bool orc1, const uint32 apos2, const uint32 opos2, const bool arc2, const bool orc2, const uint32 dist)
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE bool	nvbio::io::distinct_alignments (const Alignment &p1, const Alignment &p2, const uint32 dist=1)
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE bool	nvbio::io::distinct_alignments (const PairedAlignments &p1, const PairedAlignments &p2)
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE bool	nvbio::io::distinct_alignments (const PairedAlignments &p1, const PairedAlignments &p2, const uint32 dist)