NVBIO
 All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Macros Groups Pages
nvbio::aln::SimpleGotohScheme Member List

This is the complete list of members for nvbio::aln::SimpleGotohScheme, including all inherited members.

m_gap_extnvbio::aln::SimpleGotohScheme
m_gap_opennvbio::aln::SimpleGotohScheme
m_matchnvbio::aln::SimpleGotohScheme
m_mismatchnvbio::aln::SimpleGotohScheme
match(const uint8 q=0) const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
mismatch(const uint8 q=0) const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
mismatch(const uint8 a, const uint8 b, const uint8 q=0) const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
pattern_gap_extension() const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
pattern_gap_open() const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
SimpleGotohScheme()nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
SimpleGotohScheme(const int32 match, const int32 mm, const int32 gap_open, const int32 gap_ext)nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
substitution(const uint32 r_i, const uint32 q_j, const uint8 r, const uint8 q, const uint8 qq=0) const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
text_gap_extension() const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
text_gap_open() const nvbio::aln::SimpleGotohSchemeinline
Generated on Wed Feb 25 2015 08:34:05 for NVBIO by   doxygen 1.8.4