NVBIO
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nvbio::io::FMIndexDataHost Member List

This is the complete list of members for nvbio::io::FMIndexDataHost, including all inherited members.

BWT_BIG_ENDIANnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
BWT_BITSnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
bwt_iterator() const nvbio::io::FMIndexDatainline
bwt_occ() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
bwt_occ_type typedefnvbio::io::FMIndexData
bwt_occ_words() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
bwt_stream_type typedefnvbio::io::FMIndexData
BWT_SYMBOLS_PER_WORDnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
bwt_type typedefnvbio::io::FMIndexData
count_table() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
count_table_iterator() const nvbio::io::FMIndexDatainline
count_table_type typedefnvbio::io::FMIndexData
flags() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
fm_index_type typedefnvbio::io::FMIndexData
FMIndexData()nvbio::io::FMIndexData
FMIndexDataCore()nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
FORWARDnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
has_rssa() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
has_ssa() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
index() const nvbio::io::FMIndexDatainline
L2() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
length() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
load(const char *genome_prefix, const uint32 flags=FORWARD|REVERSE|SA)nvbio::io::FMIndexDataHost
m_bwt_occnvbio::io::FMIndexDataCore
m_bwt_occ_vecnvbio::io::FMIndexDataHost
m_bwt_occ_wordsnvbio::io::FMIndexDataCore
m_count_tablenvbio::io::FMIndexDataCore
m_count_table_vecnvbio::io::FMIndexDataHost
m_flagsnvbio::io::FMIndexDataCore
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m_L2_vecnvbio::io::FMIndexDataHost
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m_sa_wordsnvbio::io::FMIndexDataCore
m_seq_lengthnvbio::io::FMIndexDataCore
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m_ssa_vecnvbio::io::FMIndexDataHost
OCC_INTnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
occ_iterator() const nvbio::io::FMIndexDatainline
occ_type typedefnvbio::io::FMIndexData
partial_fm_index_type typedefnvbio::io::FMIndexData
partial_index() const nvbio::io::FMIndexDatainline
primary() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
rank_dict() const nvbio::io::FMIndexDatainline
rank_dict_type typedefnvbio::io::FMIndexData
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rbwt_occ() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
REVERSEnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
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rocc_iterator() const nvbio::io::FMIndexDatainline
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rssa_iterator() const nvbio::io::FMIndexDatainline
SAnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
SA_INTnvbio::io::FMIndexDataCorestatic
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ssa() const nvbio::io::FMIndexDataCoreinline
ssa_iterator() const nvbio::io::FMIndexDatainline
ssa_storage_type typedefnvbio::io::FMIndexData
ssa_type typedefnvbio::io::FMIndexDataCore
~FMIndexData()nvbio::io::FMIndexDatainlinevirtual
Generated on Wed Feb 25 2015 08:34:22 for NVBIO by   doxygen 1.8.4