| FILE_EOF enum value | nvbio::io::ReadDataFile | |
| FILE_NOT_READY enum value | nvbio::io::ReadDataFile | |
| FILE_OK enum value | nvbio::io::ReadDataFile | |
| FILE_OPEN_FAILED enum value | nvbio::io::ReadDataFile | |
| FILE_PARSE_ERROR enum value | nvbio::io::ReadDataFile | |
| FILE_STREAM_ERROR enum value | nvbio::io::ReadDataFile | |
| FileState enum name | nvbio::io::ReadDataFile | |
| init(void) | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| is_ok(void) | nvbio::io::ReadDataFile | inlinevirtual |
| LINE_BUFFER_INIT_SIZE enum value | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| LONG_READ | nvbio::io::ReadDataFile | static |
| m_file_state | nvbio::io::ReadDataFile | protected |
| m_flags | nvbio::io::ReadDataFile | protected |
| m_loaded | nvbio::io::ReadDataFile | protected |
| m_max_reads | nvbio::io::ReadDataFile | protected |
| m_truncate_read_len | nvbio::io::ReadDataStream | |
| next(const uint32 batch_size, const uint32 batch_bps) | nvbio::io::ReadDataFile | virtual |
| nextChunk(ReadDataRAM *output, uint32 max_reads, uint32 max_bps) | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | virtual |
| ReadDataFile(const uint32 max_reads, const uint32 truncate_read_len, const ReadEncoding flags) | nvbio::io::ReadDataFile | inlineprotected |
| ReadDataFile_SAM(const char *read_file_name, const uint32 max_reads, const uint32 max_read_len, const ReadEncoding flags) | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| ReadDataStream(uint32 truncate_read_len=uint32(-1)) | nvbio::io::ReadDataStream | inline |
| SortOrder enum name | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| SortOrder_coordinate enum value | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| SortOrder_queryname enum value | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| SortOrder_unknown enum value | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| SortOrder_unsorted enum value | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| sq_lengths | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| sq_names | nvbio::io::ReadDataFile_SAM | |
| ~ReadDataFile() | nvbio::io::ReadDataFile | inlinevirtual |
| ~ReadDataStream() | nvbio::io::ReadDataStream | inlinevirtual |
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