#include <cmath>
#include <limits>
#include <nvbio/basic/types.h>
#include <nvbio/basic/popcount.h>
#include <nvbio/basic/iterator.h>
#include <vector_types.h>
#include <vector_functions.h>

Classes
struct	nvbio::vector_type< T, DIM >

struct	nvbio::vector_type< char, 1 >

struct	nvbio::vector_type< char, 2 >

struct	nvbio::vector_type< char, 3 >

struct	nvbio::vector_type< char, 4 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned char, 1 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned char, 2 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned char, 3 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned char, 4 >

struct	nvbio::vector_type< short, 1 >

struct	nvbio::vector_type< short, 2 >

struct	nvbio::vector_type< short, 3 >

struct	nvbio::vector_type< short, 4 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned short, 1 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned short, 2 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned short, 3 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned short, 4 >

struct	nvbio::vector_type< int, 1 >

struct	nvbio::vector_type< int, 2 >

struct	nvbio::vector_type< int, 3 >

struct	nvbio::vector_type< int, 4 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned int, 1 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned int, 2 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned int, 3 >

struct	nvbio::vector_type< unsigned int, 4 >

struct	nvbio::vector_type< int64, 1 >

struct	nvbio::vector_type< int64, 2 >

struct	nvbio::vector_type< int64, 3 >

struct	nvbio::vector_type< int64, 4 >

struct	nvbio::vector_type< uint64, 1 >

struct	nvbio::vector_type< uint64, 2 >

struct	nvbio::vector_type< uint64, 3 >

struct	nvbio::vector_type< uint64, 4 >

struct	nvbio::vector_type< float, 1 >

struct	nvbio::vector_type< float, 2 >

struct	nvbio::vector_type< float, 3 >

struct	nvbio::vector_type< float, 4 >

struct	nvbio::vector_traits< T >

struct	nvbio::vector_traits< char >

struct	nvbio::vector_traits< unsigned char >

struct	nvbio::vector_traits< short >

struct	nvbio::vector_traits< unsigned short >

struct	nvbio::vector_traits< int >

struct	nvbio::vector_traits< unsigned int >

struct	nvbio::vector_traits< int64 >

struct	nvbio::vector_traits< uint64 >

struct	nvbio::vector_traits< float >

struct	nvbio::vector_traits< double >

struct	nvbio::vector_traits< char2 >

struct	nvbio::vector_traits< char3 >

struct	nvbio::vector_traits< char4 >

struct	nvbio::vector_traits< uchar2 >

struct	nvbio::vector_traits< uchar3 >

struct	nvbio::vector_traits< uchar4 >

struct	nvbio::vector_traits< short2 >

struct	nvbio::vector_traits< short3 >

struct	nvbio::vector_traits< short4 >

struct	nvbio::vector_traits< ushort2 >

struct	nvbio::vector_traits< ushort3 >

struct	nvbio::vector_traits< ushort4 >

struct	nvbio::vector_traits< int2 >

struct	nvbio::vector_traits< int3 >

struct	nvbio::vector_traits< int4 >

struct	nvbio::vector_traits< uint2 >

struct	nvbio::vector_traits< uint3 >

struct	nvbio::vector_traits< uint4 >

struct	nvbio::vector_traits< float2 >

struct	nvbio::vector_traits< float3 >

struct	nvbio::vector_traits< float4 >

struct	nvbio::vector_traits< uint64_2 >

struct	nvbio::vector_traits< uint64_3 >

struct	nvbio::vector_traits< uint64_4 >

struct	nvbio::vector_traits< int64_2 >

struct	nvbio::vector_traits< int64_3 >

struct	nvbio::vector_traits< int64_4 >

struct	nvbio::LCG_random

struct	nvbio::Field_traits< T >

struct	nvbio::Field_traits< int8 >

struct	nvbio::Field_traits< int16 >

struct	nvbio::Field_traits< int32 >

struct	nvbio::Field_traits< int64 >

struct	nvbio::Constant< T >

struct	nvbio::Linear< T >

struct	nvbio::Affine< T >

struct	nvbio::add_functor

struct	nvbio::min_functor

struct	nvbio::max_functor

struct	nvbio::component_functor< T >

struct	nvbio::leading_bits< word_type >

struct	nvbio::shift_left< word_type >

struct	nvbio::shift_right< word_type >

struct	nvbio::popc_functor< word_type >

struct	nvbio::hi_bits_functor< T, U >

struct	nvbio::hi_bits_functor< uint8, uint32 >

struct	nvbio::hi_bits_functor< uint16, uint32 >

struct	nvbio::hi_bits_functor< uint32, uint32 >

struct	nvbio::hi_bits_functor< uint32, uint64 >

struct	nvbio::get_char_functor< T >

struct	nvbio::is_true_functor< T >

struct	nvbio::is_false_functor< T >

struct	nvbio::equal_to_functor< T >

struct	nvbio::not_equal_to_functor< T >

struct	nvbio::equal_functor< T >

struct	nvbio::not_equal_functor< T >

struct	nvbio::gather_functor< Iterator, index_type >

struct	nvbio::composition_functor< Functor2, Functor1 >

struct	nvbio::bind_first_functor< Functor >

struct	nvbio::bind_second_functor< Functor >

struct	nvbio::reverse_functor< IndexType >

struct	nvbio::complement_functor< ALPHABET_SIZE >

struct	nvbio::cast_functor< T, R >

struct	nvbio::negate_functor< InputFunctor >

Namespaces
	nvbio
	Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.

	nvbio::util

Macros
#define	M_PIf 3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974944592f

#define	M_PI_2f 6.283185307179586f

#define	M_INV_PIf 0.3183098861837907f

#define	M_PI 3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974944592

#define	M_PI_2 (2.0 * M_PI)

#define	NVBIO_RAND_A 1664525

#define	NVBIO_RAND_C 1013904223

Typedefs
typedef uchar2	nvbio::uint8_2

typedef uchar3	nvbio::uint8_3

typedef uchar4	nvbio::uint8_4

typedef char2	nvbio::int8_2

typedef char3	nvbio::int8_3

typedef char4	nvbio::int8_4

typedef ushort2	nvbio::uint16_2

typedef ushort3	nvbio::uint16_3

typedef ushort4	nvbio::uint16_4

typedef short2	nvbio::int16_2

typedef short3	nvbio::int16_3

typedef short4	nvbio::int16_4

typedef uint2	nvbio::uint32_2

typedef uint3	nvbio::uint32_3

typedef uint4	nvbio::uint32_4

typedef int2	nvbio::int32_2

typedef int3	nvbio::int32_3

typedef int4	nvbio::int32_4

typedef ulonglong2	nvbio::uint64_2

typedef ulonglong3	nvbio::uint64_3

typedef ulonglong4	nvbio::uint64_4

typedef longlong2	nvbio::int64_2

typedef longlong3	nvbio::int64_3

typedef longlong4	nvbio::int64_4

Functions
template<uint32 N>
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::util::lo_bits ()

template<uint32 N>
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::util::hi_bits ()

template<typename Iterator , typename T >
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::util::count_occurrences (const Iterator begin, uint32 size, const T val, const uint32 max_occ=uint32(-1))

template<typename L , typename R >
NVBIO_HOST_DEVICE L	nvbio::util::divide_ri (const L x, const R y)

template<typename L , typename R >
NVBIO_HOST_DEVICE L	nvbio::util::divide_rz (const L x, const R y)

template<typename L , typename R >
NVBIO_HOST_DEVICE L	nvbio::util::round_i (const L x, const R y)

template<typename L , typename R >
NVBIO_HOST_DEVICE L	nvbio::util::round_z (const L x, const R y)

template<typename L , typename R >
NVBIO_HOST_DEVICE L	nvbio::util::round (const L x, const R y)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint8	nvbio::comp (const uchar2 a, const char c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE char	nvbio::comp (const char2 a, const char c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint8	nvbio::comp (const uchar4 a, const char c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE char	nvbio::comp (const char4 a, const char c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE signed char &	nvbio::select (char4 &a, const char c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::comp (const uint2 a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE void	nvbio::set (uint2 &a, const uint32 c, const uint32 v)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint64	nvbio::comp (const ulonglong2 a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE void	nvbio::set (ulonglong2 &a, const uint32 c, const uint64 v)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE int32	nvbio::comp (const int2 a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::comp (const uint4 a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE void	nvbio::set (uint4 &a, const uint32 c, const uint32 v)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE int32	nvbio::comp (const int4 a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32 &	nvbio::select (uint4 &a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint16	nvbio::comp (const ushort4 a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint64	nvbio::comp (const ulonglong4 a, const uint32 c)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE void	nvbio::set (ulonglong4 &a, const uint32 c, const uint64 v)

template<typename T >
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE vector_type < T, 1 >::type	nvbio::make_vector (const T i1)

template<typename T >
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE vector_type < T, 2 >::type	nvbio::make_vector (const T i1, const T i2)

template<typename T >
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE vector_type < T, 3 >::type	nvbio::make_vector (const T i1, const T i2, const T i3)

template<typename T >
NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE vector_type < T, 4 >::type	nvbio::make_vector (const T i1, const T i2, const T i3, const T i4)

template<typename T >
NVBIO_HOST_DEVICE T	nvbio::sgn (const T x)

NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::round (const float x)

NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::min (const float a, const float b)

NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::max (const float a, const float b)

NVBIO_HOST_DEVICE int8	nvbio::min (const int8 a, const int8 b)

NVBIO_HOST_DEVICE int8	nvbio::max (const int8 a, const int8 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint8	nvbio::min (const uint8 a, const uint8 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint8	nvbio::max (const uint8 a, const uint8 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint16	nvbio::min (const uint16 a, const uint16 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint16	nvbio::max (const uint16 a, const uint16 b)

NVBIO_HOST_DEVICE int32	nvbio::min (const int32 a, const int32 b)

NVBIO_HOST_DEVICE int32	nvbio::max (const int32 a, const int32 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::min (const uint32 a, const uint32 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::max (const uint32 a, const uint32 b)

NVBIO_HOST_DEVICE int64	nvbio::min (const int64 a, const int64 b)

NVBIO_HOST_DEVICE int64	nvbio::max (const int64 a, const int64 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint64	nvbio::min (const uint64 a, const uint64 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint64	nvbio::max (const uint64 a, const uint64 b)

NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::quantize (const float x, const uint32 n)

float NVBIO_HOST_DEVICE	nvbio::mod (const float x, const float m)

NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::log2 (uint32 n)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::hash (uint32 a)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::hash2 (uint32 key)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint64	nvbio::hash (uint64 key)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint64	nvbio::hash2 (uint64 key)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint64	nvbio::hash3 (uint64 key)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::radical_inverse (unsigned int n)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint8	nvbio::min3 (const uint8 op1, const uint8 op2, const uint8 op3)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::min3 (const uint32 op1, const uint32 op2, const uint32 op3)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE uint32	nvbio::max3 (const uint32 op1, const uint32 op2, const uint32 op3)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE int32	nvbio::min3 (const int32 op1, const int32 op2, const int32 op3)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE int32	nvbio::max3 (const int32 op1, const int32 op2, const int32 op3)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::min3 (const float op1, const float op2, const float op3)

NVBIO_FORCEINLINE NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::max3 (const float op1, const float op2, const float op3)

NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::fast_pow (const float a, const float b)

NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::fast_sin (const float x)

NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::fast_cos (const float x)

NVBIO_HOST_DEVICE float	nvbio::fast_sqrt (const float x)

template<typename Iterator >
gather_functor< Iterator >	nvbio::make_gather_functor (const Iterator perm)

template<typename Functor2 , typename Functor1 >
composition_functor< Functor2, Functor1 >	nvbio::make_composition_functor (const Functor2 fun2, const Functor1 fun1)

Macro Definition Documentation

#define M_INV_PIf 0.3183098861837907f

Definition at line 42 of file numbers.h.

#define M_PI 3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974944592

Definition at line 45 of file numbers.h.

#define M_PI_2 (2.0 * M_PI)

Definition at line 48 of file numbers.h.

#define M_PI_2f 6.283185307179586f

Definition at line 41 of file numbers.h.

#define M_PIf 3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974944592f

Definition at line 40 of file numbers.h.

Classes

Namespaces

Macros

Typedefs

Functions

Macro Definition Documentation