output_types.h File Reference

#include <nvbio/basic/types.h>
#include <nvbio/io/alignments.h>
#include <nvbio/io/sequence/sequence.h>
#include <nvbio/basic/vector_array.h>
#include <thrust/host_vector.h>
#include <thrust/device_vector.h>
#include <nvbio/io/output/output_utils.h>

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Classes
struct	nvbio::io::BNT
struct	nvbio::io::DeviceCigarArray
struct	nvbio::io::HostCigarArray

Namespaces
	nvbio
	Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
	nvbio::io

Typedefs
typedef nvbio::HostVectorArray < uint8 >	nvbio::io::HostMdsArray

Enumerations
enum	nvbio::io::AlignmentType { nvbio::io::SINGLE_END, nvbio::io::PAIRED_END }
enum	nvbio::io::AlignmentMate { nvbio::io::MATE_1 = 0, nvbio::io::MATE_2 = 1 }
enum	nvbio::io::AlignmentScore { nvbio::io::BEST_SCORE, nvbio::io::SECOND_BEST_SCORE }