NVBIO
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Classes | Namespaces | Typedefs | Enumerations
output_types.h File Reference
#include <nvbio/basic/types.h>
#include <nvbio/io/alignments.h>
#include <nvbio/io/sequence/sequence.h>
#include <nvbio/basic/vector_array.h>
#include <thrust/host_vector.h>
#include <thrust/device_vector.h>
#include <nvbio/io/output/output_utils.h>

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Classes

struct  nvbio::io::BNT
 
struct  nvbio::io::DeviceCigarArray
 
struct  nvbio::io::HostCigarArray
 

Namespaces

 nvbio
 Define a vector_view POD type and plain_view() for std::vector.
 
 nvbio::io
 

Typedefs

typedef nvbio::HostVectorArray
< uint8 > 
nvbio::io::HostMdsArray
 

Enumerations

enum  nvbio::io::AlignmentType { nvbio::io::SINGLE_END, nvbio::io::PAIRED_END }
 
enum  nvbio::io::AlignmentMate { nvbio::io::MATE_1 = 0, nvbio::io::MATE_2 = 1 }
 
enum  nvbio::io::AlignmentScore { nvbio::io::BEST_SCORE, nvbio::io::SECOND_BEST_SCORE }