- b -

• bam_mplp_t : sam.h
• bam_plp_auto_f : sam.h
• bam_plp_t : sam.h
• bam_seq_t : cram_samtools.h
• bcf_sr_regions_t : synced_bcf_reader.h
• bcf_sweep_t : vcf_sweep.h
• BGZF : hts.h , bgzf.h
• bgzidx_t : bgzf.h
• Byte : zconf.h
• BYTE : lz4.c , xxhash.c , lz4frame.c
• Byte : zconf.h
• Bytef : zconf.h

- c -

• charf : zconf.h
• compressFunc_t : lz4frame.c
• config : deflate.c
• cram_codec : cram_codecs.h
• cram_fd : cram_structs.h
• cram_FILE : cram_structs.h
• cram_index : cram_structs.h
• cram_map : cram_structs.h
• cram_slice : cram_structs.h
• crc : crc.h
• ct_data : deflate.h

- d -

• D_ConstStreamDNA : assembly_types.h
• D_KmerIterator : assembly_types.h
• D_RefRangesSet : assembly_types.h
• D_SequenceSet : assembly_types.h
• D_StreamDNA : assembly_types.h
• D_VectorCigarOp : assembly_types.h
• D_VectorCRQIndex : bam_io.h
• D_VectorDNA : assembly_types.h
• D_VectorDNA16 : assembly_types.h
• D_VectorI32 : assembly_types.h
• D_VectorSetKmerCoord : assembly_types.h
• D_VectorU16 : assembly_types.h
• D_VectorU32 : assembly_types.h
• D_VectorU64 : assembly_types.h
• D_VectorU64_2 : assembly_types.h
• D_VectorU8 : assembly_types.h
• deflate_state : deflate.h

- f -

• faidx_t : faidx.h

- g -

• gz_header : zlib.h
• gz_headerp : zlib.h
• gz_statep : gzguts.h
• gzFile : zlib.h

- h -

• H_ConstStreamDNA : assembly_types.h
• H_KmerIterator : assembly_types.h
• H_RefRangesSet : assembly_types.h
• H_SequenceSet : assembly_types.h
• H_StreamDNA : assembly_types.h
• H_VectorActiveRegions : regions.h
• H_VectorCigarOp : assembly_types.h
• H_VectorCRQIndex : bam_io.h
• H_VectorDNA : assembly_types.h
• H_VectorDNA16 : assembly_types.h
• H_VectorI32 : assembly_types.h
• H_VectorSetKmerCoord : assembly_types.h
• H_VectorU16 : assembly_types.h
• H_VectorU32 : assembly_types.h
• H_VectorU64 : assembly_types.h
• H_VectorU64_2 : assembly_types.h
• H_VectorU8 : assembly_types.h
• hFILE : hfile.h
• hts_cram_idx_t : sam.c
• hts_id2name_f : hts.h
• hts_idx_t : hts.h
• hts_itr_query_func : hts.h
• hts_name2id_f : hts.h
• hts_readrec_func : hts.h

- i -

• int16_t : kstdint.h , cpu.cpp
• int32_t : cpu.cpp , kstdint.h
• int64_t : kstdint.h , cpu.cpp
• int8_t : cpu.cpp , kstdint.h
• intf : zconf.h
• IPos : deflate.h

- k -

• kh_cstr_t : khash.h
• khint64_t : khash.h
• khint_t : khash.h
• khiter_t : khash.h
• knetFile : knetfile.h
• ksstr_t : ksort.h
• kstring_t : hts.h , kstring.h , kseq.h , bgzf.h

- l -

• lbnode_t : sam.c
• LZ4F_compressionContext_t : lz4frame.h
• LZ4F_decompressionContext_t : lz4frame.h
• LZ4F_errorCode_t : lz4frame.h

- m -

• MD5_u32plus : md5.h
• MM_typecode : mmio.h
• mtaux_t : bgzf.c

- o -

• OF : zlib.h , deflate.c

- p -

• Pos : deflate.h
• Posf : deflate.h

- r -

• ranges_iterator : assembly_types.h
• ref_entry : cram_structs.h
• RefSequenceSet : assembly_types.h
• region_t : synced_bcf_reader.c

- s -

• S32 : lz4.c , lz4frame.c , xxhash.c
• s_profile : ssw.h
• SAM_hdr_tag : sam_header.h
• SAM_hdr_type : sam_header.h
• samFile : sam.h
• SequenceSetKmerCoord : assembly_types.h
• spare_bams : cram_structs.h
• static_tree_desc : deflate.h

- t -

• t_pool : thread_pool.h
• t_pool_job : thread_pool.h
• t_pool_result : thread_pool.h
• t_results_queue : thread_pool.h
• trbudget_t : divsufsort.c
• tree_desc : deflate.h

- u -

• U16 : lz4.c , lz4frame.c , xxhash.c
• U32 : lz4.c , lz4frame.c , xxhash.c
• U32_S : xxhash.c
• U64 : lz4.c , lz4frame.c , xxhash.c
• U64_S : xxhash.c
• ubyte_t : kstring.c
• uch : zutil.h
• uchf : zutil.h
• uInt : zconf.h
• uint16_t : kstdint.h , cpu.cpp
• uint32_t : kstdint.h , cpu.cpp
• uint64_t : cpu.cpp , kstdint.h
• uint8_t : kstdint.h , cpu.cpp
• uIntf : zconf.h
• ulg : zutil.h
• uLong : zconf.h
• uLongf : zconf.h
• ush : zutil.h
• ushf : zutil.h

- v -

• vcfFile : vcf.h
• voidp : zconf.h
• voidpc : zconf.h
• voidpf : zconf.h

- z -

• z_crc_t : zconf.h
• z_stream : zlib.h
• z_streamp : zlib.h