- b -

• BAD : inflate.h
• BAM_ALL : bam_io.h
• BAM_AUX : bam_io.h
• BAM_BIN : bam_io.h
• BAM_CBASE_MATCH : cram_samtools.h
• BAM_CBASE_MISMATCH : cram_samtools.h
• BAM_CDEL_ : cram_samtools.h
• BAM_CHARD_CLIP_ : cram_samtools.h
• BAM_CIGARS : bam_io.h
• BAM_CINS_ : cram_samtools.h
• BAM_CMATCH_ : cram_samtools.h
• BAM_CPAD_ : cram_samtools.h
• BAM_CREF_SKIP_ : cram_samtools.h
• BAM_CSOFT_CLIP_ : cram_samtools.h
• BAM_FLAGS : bam_io.h
• BAM_FLAGS_DUPLICATE : bam_io.h
• BAM_FLAGS_MATE_REVERSE : bam_io.h
• BAM_FLAGS_MATE_UNMAPPED : bam_io.h
• BAM_FLAGS_PAIRED : bam_io.h
• BAM_FLAGS_PROPER_PAIR : bam_io.h
• BAM_FLAGS_QC_FAILED : bam_io.h
• BAM_FLAGS_READ_1 : bam_io.h
• BAM_FLAGS_READ_2 : bam_io.h
• BAM_FLAGS_REVERSE : bam_io.h
• BAM_FLAGS_SECONDARY : bam_io.h
• BAM_FLAGS_UNMAPPED : bam_io.h
• BAM_MAPQ : bam_io.h
• BAM_NAMES : bam_io.h
• BAM_POSITIONS : bam_io.h
• BAM_QUALITIES : bam_io.h
• BAM_READS : bam_io.h
• BAM_REFIDS : bam_io.h
• block_done : deflate.c
• blockIndependent : lz4frame.h
• blockLinked : lz4frame.h
• BM_ERROR : cram_structs.h
• byPtr : lz4.c
• byU16 : lz4.c
• byU32 : lz4.c
• BZIP2 : cram_structs.h

- c -

• CHECK : inflate.h
• CODELENS : inflate.h
• CODES : inftrees.h
• COMMENT : inflate.h
• COMPRESSION_HEADER : cram_structs.h
• contentChecksumEnabled : lz4frame.h
• COPY : inflate.h
• COPY_ : inflate.h
• CORE : cram_structs.h
• CORRECTIONS : utils.h
• CRAM_OPT_DECODE_MD : cram_structs.h
• CRAM_OPT_EMBED_REF : cram_structs.h
• CRAM_OPT_IGNORE_MD5 : cram_structs.h
• CRAM_OPT_MULTI_SEQ_PER_SLICE : cram_structs.h
• CRAM_OPT_NO_REF : cram_structs.h
• CRAM_OPT_NTHREADS : cram_structs.h
• CRAM_OPT_PREFIX : cram_structs.h
• CRAM_OPT_RANGE : cram_structs.h
• CRAM_OPT_REFERENCE : cram_structs.h
• CRAM_OPT_SEQS_PER_SLICE : cram_structs.h
• CRAM_OPT_SHARED_REF : cram_structs.h
• CRAM_OPT_SLICES_PER_CONTAINER : cram_structs.h
• CRAM_OPT_THREAD_POOL : cram_structs.h
• CRAM_OPT_USE_BZIP2 : cram_structs.h
• CRAM_OPT_VERBOSITY : cram_structs.h
• CRAM_OPT_VERSION : cram_structs.h
• CT_ERROR : cram_structs.h

- d -

• DICT : inflate.h
• DICTID : inflate.h
• dictSmall : lz4.c
• DIST : inflate.h
• DISTEXT : inflate.h
• DISTS : inftrees.h
• DONE : inflate.h
• dstage_checkSuffix : lz4frame.c
• dstage_copyDirect : lz4frame.c
• dstage_decodeCBlock : lz4frame.c
• dstage_decodeCBlock_intoDst : lz4frame.c
• dstage_decodeCBlock_intoTmp : lz4frame.c
• dstage_decodeCBlockSize : lz4frame.c
• dstage_decodeHeader : lz4frame.c
• dstage_flushOut : lz4frame.c
• dstage_getCBlock : lz4frame.c
• dstage_getCBlockSize : lz4frame.c
• dstage_getHeader : lz4frame.c
• dstage_getSuffix : lz4frame.c
• dstage_storeCBlock : lz4frame.c
• dstage_storeCBlockSize : lz4frame.c
• dstage_storeHeader : lz4frame.c
• dstage_storeSuffix : lz4frame.c

- e -

• E_BETA : cram_structs.h
• E_BYTE : cram_structs.h
• E_BYTE_ARRAY : cram_structs.h
• E_BYTE_ARRAY_BLOCK : cram_structs.h
• E_BYTE_ARRAY_LEN : cram_structs.h
• E_BYTE_ARRAY_STOP : cram_structs.h
• E_EXTERNAL : cram_structs.h
• E_GAMMA : cram_structs.h
• E_GOLOMB : cram_structs.h
• E_GOLOMB_RICE : cram_structs.h
• E_HUFFMAN : cram_structs.h
• E_INT : cram_structs.h
• E_LONG : cram_structs.h
• E_NULL : cram_structs.h
• E_SUBEXP : cram_structs.h
• endOnInputSize : lz4.c
• endOnOutputSize : lz4.c
• ERROR_FREE : utils.h
• EXLEN : inflate.h
• EXTERNAL : cram_structs.h
• EXTRA : inflate.h

- f -

• FILE_HEADER : cram_structs.h
• finish_done : deflate.c
• finish_started : deflate.c
• FLAGS : inflate.h
• fromSrcBuffer : lz4frame.c
• fromTmpBuffer : lz4frame.c
• full : lz4.c

- g -

• GZIP : cram_structs.h

- h -

• HCRC : inflate.h
• HEAD : inflate.h

- k -

• kAlignment : nvbio-test.cpp
• kALL : nvbio-test.cpp
• kAlloc : nvbio-test.cpp
• kBloomFilter : nvbio-test.cpp
• kBWT : nvbio-test.cpp
• kCache : nvbio-test.cpp
• kCondition : nvbio-test.cpp
• kFMIndex : nvbio-test.cpp
• kHTML : nvbio-test.cpp
• kPackedStream : nvbio-test.cpp
• kQGram : nvbio-test.cpp
• kRank : nvbio-test.cpp
• kScan : nvbio-test.cpp
• kSequence : nvbio-test.cpp
• kStringSet : nvbio-test.cpp
• kSumTree : nvbio-test.cpp
• kSyncblocks : nvbio-test.cpp
• kWaveletTree : nvbio-test.cpp
• kWorkQueue : nvbio-test.cpp

- l -

• LEN : inflate.h
• LEN_ : inflate.h
• LENEXT : inflate.h
• LENGTH : inflate.h
• LENLENS : inflate.h
• LENS : inftrees.h
• limitedOutput : lz4hc.c , lz4.c
• LIT : inflate.h
• LZ4F_default : lz4frame.h
• LZ4F_LIST_ERRORS : lz4frame_static.h

- m -

• MAPPED_SLICE : cram_structs.h
• MATCH : inflate.h
• max1MB : lz4frame.h
• max256KB : lz4frame.h
• max4MB : lz4frame.h
• max64KB : lz4frame.h
• MAX_READ_LENGTH : utils.h
• MEM : inflate.h

- n -

• NAME : inflate.h
• need_more : deflate.c
• noContentChecksum : lz4frame.h
• noDict : lz4.c
• noDictIssue : lz4.c
• noLimit : lz4hc.c
• notDone : lz4frame.c
• notLimited : lz4.c

- o -

• OS : inflate.h

- p -

• partial : lz4.c

- r -

• RAW : cram_structs.h

- s -

• SAMPLED_KMERS : bloom_filters.h
• STORED : inflate.h
• SYNC : inflate.h

- t -

• TABLE : inflate.h
• TIME : inflate.h
• TRIMMED_BASES : utils.h
• TRIMMED_READS : utils.h
• TRUSTED_KMERS : bloom_filters.h
• TYPE : inflate.h
• TYPEDO : inflate.h

- u -

• UNFIXABLE : utils.h
• UNMAPPED_SLICE : cram_structs.h
• usingExtDict : lz4.c

- v -

• V_DEBUG : console.h
• V_ERROR : console.h
• V_INFO : console.h
• V_STATS : console.h
• V_VERBOSE : console.h
• V_VISIBLE : console.h
• V_WARNING : console.h

- w -

• withPrefix64k : lz4.c

- x -

• XXH_aligned : xxhash.c
• XXH_bigEndian : xxhash.c
• XXH_ERROR : xxhash.h
• XXH_littleEndian : xxhash.c
• XXH_OK : xxhash.h
• XXH_unaligned : xxhash.c