- b -

• bam_aux2A() : sam.h , sam.c
• bam_aux2f() : sam.c , sam.h
• bam_aux2i() : sam.h , sam.c
• bam_aux2Z() : sam.c , sam.h
• bam_aux_append() : sam.h , sam.c
• bam_aux_del() : sam.h , sam.c
• bam_aux_get() : sam.h , sam.c
• bam_cigar2qlen() : sam.c , sam.h
• bam_cigar2rlen() : sam.h , sam.c
• bam_construct_seq() : cram_samtools.c , cram_samtools.h
• bam_copy() : cram_encode.c
• bam_copy1() : sam.h , sam.c
• bam_destroy1() : sam.h , sam.c
• bam_dup1() : sam.h , sam.c
• bam_endpos() : sam.h , sam.c
• bam_flag2str() : sam.h , sam.c
• bam_hdr_destroy() : sam.h , sam.c
• bam_hdr_dup() : sam.h , sam.c
• bam_hdr_init() : sam.h
• bam_hdr_read() : sam.h , sam.c
• bam_hdr_write() : sam.h , sam.c
• bam_header_to_cram() : cram_samtools.c , cram_samtools.h
• bam_index_build() : sam.h , sam.c
• bam_init1() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_auto() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_destroy() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_init() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_init_overlaps() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_set_maxcnt() : sam.h , sam.c
• bam_name2id() : sam.h , sam.c
• bam_plp_auto() : sam.h , sam.c
• bam_plp_destroy() : sam.h , sam.c
• bam_plp_init() : sam.c , sam.h
• bam_plp_init_overlaps() : sam.c
• bam_plp_next() : sam.h , sam.c
• bam_plp_push() : sam.h , sam.c
• bam_plp_reset() : sam.h , sam.c
• bam_plp_set_maxcnt() : sam.h , sam.c
• bam_read1() : sam.h , sam.c
• bam_str2flag() : sam.h , sam.c
• bam_write1() : sam.h , sam.c
• banded_sw() : ssw.cpp
• bcf_add_filter() : vcf.h , vcf.c
• bcf_calc_ac() : vcfutils.h , vcfutils.c
• bcf_clear() : vcf.h , vcf.c
• bcf_destroy() : vcf.h
• bcf_destroy1() : vcf.c
• bcf_dup() : vcf.h , vcf.c
• bcf_empty() : vcf.h
• bcf_empty1() : vcf.c , vcf_sweep.c
• bcf_enc_vchar() : vcf.h , vcf.c
• bcf_enc_vfloat() : vcf.h , vcf.c
• bcf_enc_vint() : vcf.h , vcf.c
• bcf_fmt_array() : vcf.h , vcf.c
• bcf_fmt_sized_array() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_fmt() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_format_string() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_format_values() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_info() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_info_values() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_variant_type() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_variant_types() : vcf.h , vcf.c
• bcf_gt_type() : vcfutils.h , vcfutils.c
• bcf_has_filter() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_add_hrec() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_add_sample() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_append() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_check_sanity() : vcf.c
• bcf_hdr_combine() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_destroy() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_dup() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_fmt_text() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_get_hrec() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_get_version() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_id2int() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_init() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_parse() : vcf.c
• bcf_hdr_parse_line() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_parse_sample_line() : vcf.c
• bcf_hdr_printf() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_read() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_register_hrec() : vcf.c
• bcf_hdr_remove() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_seqnames() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_set() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_set_samples() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_set_version() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_subset() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_sync() : vcf.c
• bcf_hdr_write() : vcf.h , vcf.c
• bcf_header_debug() : vcf.c
• bcf_hrec_add_key() : vcf.c , vcf.h
• bcf_hrec_debug() : vcf.c
• bcf_hrec_destroy() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_dup() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_find_key() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_format() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_set_val() : vcf.h , vcf.c
• bcf_index() : vcf.c
• bcf_index_build() : vcf.h , vcf.c
• bcf_init() : vcf.h
• bcf_init1() : vcf.c
• bcf_is_snp() : vcf.h , vcf.c
• bcf_read() : vcf.c , vcf.h
• bcf_readrec() : vcf.h , vcf.c
• bcf_remove_alleles() : vcfutils.h , vcfutils.c
• bcf_remove_filter() : vcf.h , vcf.c
• bcf_sr_add_reader() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_destroy() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_init() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_next_line() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_destroy() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_flush() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_init() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_next() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_overlap() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_seek() : synced_bcf_reader.c , synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_remove_reader() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_seek() : synced_bcf_reader.c , synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_set_regions() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_set_samples() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_set_targets() : synced_bcf_reader.c , synced_bcf_reader.h
• bcf_subset() : vcf.c , vcf.h
• bcf_subset_format() : vcf.c , vcf.h
• bcf_sweep_bwd() : vcf_sweep.c , vcf_sweep.h
• bcf_sweep_destroy() : vcf_sweep.c , vcf_sweep.h
• bcf_sweep_fwd() : vcf_sweep.c , vcf_sweep.h
• bcf_sweep_hdr() : vcf_sweep.h , vcf_sweep.c
• bcf_sweep_init() : vcf_sweep.h , vcf_sweep.c
• bcf_translate() : vcf.c , vcf.h
• bcf_trim_alleles() : vcfutils.c , vcfutils.h
• bcf_unpack() : vcf.h , vcf.c
• bcf_update_alleles() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_alleles_str() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_filter() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_format() : vcf.h , vcf.c
• bcf_update_format_string() : vcf.h , vcf.c
• bcf_update_id() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_info() : vcf.h , vcf.c
• bcf_write() : vcf.c , vcf.h
• benchmark_priority_queue() : main.cpp
• bgzf_check_EOF() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_close() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_dopen() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_flush() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_flush_try() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_getc() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_getline() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_hopen() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_index_add_block() : bgzf.c
• bgzf_index_build_init() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_index_destroy() : bgzf.c
• bgzf_index_dump() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_index_load() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_is_bgzf() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_mt() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_open() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_raw_read() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_raw_write() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_read() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_read_block() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_seek() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_set_cache_size() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_useek() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_utell() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_write() : bgzf.c , bgzf.h
• bi_flush() : trees.c
• bi_reverse() : trees.c
• bi_windup() : trees.c
• build_bl_tree() : trees.c
• build_tree() : trees.c
• bwt_test() : bwt_test.cpp , nvbio-test.cpp