- s -

• sam_format1() : sam.h , sam.c
• sam_hdr_add() : sam_header.h , sam_header.c
• sam_hdr_add_lines() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_add_PG() : sam_header.h , sam_header.c
• sam_hdr_decr_ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_dump() : sam_header.c
• sam_hdr_dup() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_key() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_line() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_rg() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_free() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_incr_ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_length() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_link_pg() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_name2ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_new() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_parse() : sam_header.c , sam_header.h , sam.h , sam.c
• sam_hdr_PG_ID() : sam_header.c
• sam_hdr_read() : sam.h , sam.c
• sam_hdr_rebuild() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_str() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_update() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_vadd() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_write() : sam.h , sam.c
• sam_index_load() : sam.h , sam.c
• sam_itr_queryi() : sam.h , sam.c
• sam_itr_querys() : sam.h , sam.c
• sam_open_mode() : sam.h , sam.c
• sam_parse1() : sam.h , sam.c
• sam_read1() : sam.h , sam.c
• sam_write1() : sam.c , sam.h
• scan_tree() : trees.c
• segmented_sort_super_kmers_lexicographic() : kmers_inl.h
• send_all_trees() : trees.c
• send_tree() : trees.c
• seq_reverse() : ssw.cpp
• set_verbosity() : console.h , console.cpp
• sort_kmers_lexicographic() : kmers_inl.h
• ssw_align() : ssw.h , ssw.cpp
• ssw_init() : ssw.h , ssw.cpp
• string_alloc() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_dup() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_ndup() : string_alloc.h , string_alloc.c
• string_pool_create() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_pool_destroy() : string_alloc.c , string_alloc.h
• stringify_argv() : sam_header.h , sam_header.c
• sufcheck() : suftest.c
• sw_sse2_byte() : ssw.cpp
• sw_sse2_word() : ssw.cpp
• syncsearch() : inflate.c