- a -

• ALL : nvbio::aln
• AllMapping : nvbio::bowtie2::cuda
• AnchorMate : nvbio::bowtie2::cuda
• APPROX_MAPPING : nvbio::bowtie2::cuda::detail
• ASCII : nvbio
• AVG_READ_LENGTH : nvbio::bowtie2::cuda

- b -

• BANDED_DP_CHECKPOINTS : nvbio::bowtie2::cuda
• BEST_SCORE : nvbio::io
• BestMappingApprox : nvbio::bowtie2::cuda
• BestMappingExact : nvbio::bowtie2::cuda
• BLOCKDIM : nvbio::bowtie2::cuda

- c -

• CASE_PRUNING_MAPPING : nvbio::bowtie2::cuda::detail
• CHECK_EXACT : nvbio::bowtie2::cuda::detail
• COLUMN_MAJOR_LAYOUT : nvbio
• COMPLEMENT : nvbio
• CompressedTrie : nvbio
• CONSTANT_COST : nvbio::bowtie2::cuda

- d -

• DELETION : nvbio::aln
• DELETION_EXT : nvbio::aln
• DNA : nvbio
• DNA_IUPAC : nvbio
• DNA_N : nvbio

- e -

• ED : nvbio::aln
• ED_BANDED : nvbio::aln
• EditDistanceMode : nvbio::bowtie2::cuda
• EMASK : nvbio::aln
• EndToEndAlignment : nvbio::bowtie2::cuda
• ESTATE : nvbio::aln
• EXACT_MAPPING : nvbio::bowtie2::cuda::detail

- f -

• FMASK : nvbio::aln
• FORMATTED : nvbio::html
• FORWARD : nvbio , nvbio::io
• FORWARD_COMPLEMENT : nvbio::io
• FSTATE : nvbio::aln
• FULL_DP_CHECKPOINTS : nvbio::bowtie2::cuda
• FUNCTIONAL : nvbio::aln

- g -

• GLOBAL : nvbio::aln
• GOTOH : nvbio::aln
• GOTOH_BANDED : nvbio::aln

- h -

• HIGHER : nvbio::alndiff
• HIT_STATS_BINS : nvbio::bowtie2::cuda
• HIT_STATS_MAX : nvbio::bowtie2::cuda
• HIT_STATS_MAX_RANGE : nvbio::bowtie2::cuda
• HIT_STATS_RANGES : nvbio::bowtie2::cuda
• HIT_STATS_TOP : nvbio::bowtie2::cuda
• HIT_STATS_TOP_BINS : nvbio::bowtie2::cuda
• HIT_STATS_TOP_MAX : nvbio::bowtie2::cuda
• HIT_STATS_TOTAL : nvbio::bowtie2::cuda
• HMASK : nvbio::aln
• HSTATE : nvbio::aln

- i -

• IGNORE_EXACT : nvbio::bowtie2::cuda::detail
• INSERTION : nvbio::aln
• INSERTION_EXT : nvbio::aln

- k -

• kPairedEnds : nvbio::bowtie2::cuda
• kSingleEnd : nvbio::bowtie2::cuda

- l -

• LINEAR : nvbio::alndiff
• LMEM_CACHE_WORDS : nvbio::bowtie2::cuda
• LOAD_CA : nvbio::cuda
• LOAD_CG : nvbio::cuda
• LOAD_CS : nvbio::cuda
• LOAD_CV : nvbio::cuda
• LOAD_DEFAULT : nvbio::cuda
• LOAD_LDG : nvbio::cuda
• LOAD_VOLATILE : nvbio::cuda
• LOCAL : nvbio::aln
• LocalAlignment : nvbio::bowtie2::cuda
• LOG : nvbio::alndiff
• LOWER : nvbio::alndiff

- m -

• MATE_1 : nvbio::io
• MATE_2 : nvbio::io
• MAX_BAND_LEN : nvbio::bowtie2::cuda
• MAXIMUM_BAND_LEN_MULT : nvbio::bowtie2::cuda
• MAXIMUM_BAND_LENGTH : nvbio::bowtie2::cuda
• MAXIMUM_INSERT_LENGTH : nvbio::bowtie2::cuda
• MAXIMUM_READ_LENGTH : nvbio::bowtie2::cuda
• MDS_DELETION : nvbio::io
• MDS_INSERTION : nvbio::io
• MDS_INVALID : nvbio::io
• MDS_MATCH : nvbio::io
• MDS_MISMATCH : nvbio::io
• MgpuBoundsLower : mgpu
• MgpuBoundsUpper : mgpu
• MgpuJoinKindInner : mgpu
• MgpuJoinKindLeft : mgpu
• MgpuJoinKindOuter : mgpu
• MgpuJoinKindRight : mgpu
• MgpuScanTypeExc : mgpu
• MgpuScanTypeInc : mgpu
• MgpuSearchTypeIndex : mgpu
• MgpuSearchTypeIndexMatch : mgpu
• MgpuSearchTypeMatch : mgpu
• MgpuSearchTypeNone : mgpu
• MgpuSetOpDiff : mgpu
• MgpuSetOpIntersection : mgpu
• MgpuSetOpSymDiff : mgpu
• MgpuSetOpUnion : mgpu

- o -

• OPPOSITE_SCORE_STREAM : nvbio::bowtie2::cuda::detail
• OppositeMate : nvbio::bowtie2::cuda

- p -

• PAIRED_END : nvbio::io
• PE_POLICY_FF : nvbio::io
• PE_POLICY_FR : nvbio::io
• PE_POLICY_RF : nvbio::io
• PE_POLICY_RR : nvbio::io
• Phred : nvbio::io
• Phred33 : nvbio::io
• Phred64 : nvbio::io
• PROTEIN : nvbio

- q -

• QUAL_COST : nvbio::bowtie2::cuda

- r -

• REVERSE : nvbio::io , nvbio
• REVERSE_COMPLEMENT : nvbio::io
• RNA : nvbio
• RNA_N : nvbio
• ROUNDED_QUAL_COST : nvbio::bowtie2::cuda
• ROW_MAJOR_LAYOUT : nvbio
• RUN_EVENT : nvbio::cuda

- s -

• SAMFlag_AllSegmentsAligned : nvbio::io
• SAMFlag_Duplicate : nvbio::io
• SAMFlag_FailedQC : nvbio::io
• SAMFlag_FirstSegment : nvbio::io
• SAMFlag_LastSegment : nvbio::io
• SAMFlag_MultipleSegments : nvbio::io
• SAMFlag_NextSegmentReverseComplemented : nvbio::io
• SAMFlag_NextSegmentUnmapped : nvbio::io
• SAMFlag_ReverseComplemented : nvbio::io
• SAMFlag_SecondaryAlignment : nvbio::io
• SAMFlag_SegmentUnmapped : nvbio::io
• SCORE_MATE_BLOCKDIM : nvbio::bowtie2::cuda
• SCORE_STREAM : nvbio::bowtie2::cuda::detail
• SECOND_BEST_SCORE : nvbio::io
• SEMI_GLOBAL : nvbio::aln
• SEQUENCE_DATA : nvbio::io
• SEQUENCE_NAMES : nvbio::io
• SEQUENCE_QUALS : nvbio::io
• SINGLE_END : nvbio::io
• SINK : nvbio::aln
• SmithWatermanMode : nvbio::bowtie2::cuda
• Solexa : nvbio::io
• STANDARD : nvbio
• STREAM_EVENT : nvbio::cuda
• STRING_ID : nvbio::priv
• SUBSTITUTION : nvbio::aln
• SUFFIX_ID : nvbio::priv
• SW : nvbio::aln
• SW_BANDED : nvbio::aln
• SW_STRIPED : nvbio::aln
• SW_WARP : nvbio::aln

- t -

• TRACEBACK_STREAM : nvbio::bowtie2::cuda::detail

- u -

• UncompressedTrie : nvbio