- b -

• bam_aux : cram_samtools.h
• bam_bin : cram_samtools.h
• bam_blk_size : cram_samtools.h
• BAM_CBACK : sam.h
• BAM_CDEL : sam.h
• BAM_CDIFF : sam.h
• BAM_CEQUAL : sam.h
• BAM_CHARD_CLIP : sam.h
• bam_cigar : cram_samtools.h
• bam_cigar_gen : sam.h
• bam_cigar_len : cram_samtools.h
• BAM_CIGAR_MASK : sam.h
• bam_cigar_op : sam.h
• bam_cigar_opchr : sam.h
• bam_cigar_oplen : sam.h
• BAM_CIGAR_SHIFT : sam.h
• BAM_CIGAR_STR : sam.h
• BAM_CIGAR_TYPE : sam.h
• bam_cigar_type : sam.h
• BAM_CINS : sam.h
• BAM_CMATCH : sam.h
• BAM_CPAD : sam.h
• BAM_CREF_SKIP : sam.h
• BAM_CSOFT_CLIP : sam.h
• bam_dup : cram_samtools.h
• BAM_FDUP : sam.h
• bam_flag : cram_samtools.h
• BAM_FMREVERSE : sam.h
• BAM_FMUNMAP : sam.h
• BAM_FPAIRED : sam.h
• BAM_FPROPER_PAIR : sam.h
• BAM_FQCFAIL : sam.h
• BAM_FREAD1 : sam.h
• BAM_FREAD2 : sam.h
• bam_free : cram_samtools.h
• BAM_FREVERSE : sam.h
• BAM_FSECONDARY : sam.h
• BAM_FSUPPLEMENTARY : sam.h
• BAM_FUNMAP : sam.h
• bam_get_aux : sam.h
• bam_get_cigar : sam.h
• bam_get_l_aux : sam.h
• bam_get_qname : sam.h
• bam_get_qual : sam.h
• bam_get_seq : sam.h
• bam_index_load : sam.h
• bam_ins_size : cram_samtools.h
• bam_is_mrev : sam.h
• bam_is_rev : sam.h
• bam_itr_destroy : sam.h
• bam_itr_next : sam.h
• bam_itr_queryi : sam.h
• bam_itr_querys : sam.h
• bam_map_qual : cram_samtools.h
• bam_mate_pos : cram_samtools.h
• bam_mate_ref : cram_samtools.h
• bam_name : cram_samtools.h
• bam_name_len : cram_samtools.h
• bam_pos : cram_samtools.h
• bam_qual : cram_samtools.h
• bam_ref : cram_samtools.h
• bam_reg2bin : cram_samtools.h
• bam_seq : cram_samtools.h
• bam_seq_len : cram_samtools.h
• bam_seqi : sam.h
• bam_set_blk_size : cram_samtools.h
• BASE : adler32.c
• BCF1_DIRTY_ALS : vcf.h
• BCF1_DIRTY_FLT : vcf.h
• BCF1_DIRTY_ID : vcf.h
• BCF1_DIRTY_INF : vcf.h
• bcf_alleles2gt : vcf.h
• BCF_BT_CHAR : vcf.h
• BCF_BT_FLOAT : vcf.h
• BCF_BT_INT16 : vcf.h
• BCF_BT_INT32 : vcf.h
• BCF_BT_INT8 : vcf.h
• BCF_BT_NULL : vcf.h
• bcf_clear1 : vcf.h
• bcf_close : vcf.h
• bcf_destroy1 : vcf.h
• BCF_DT_CTG : vcf.h
• BCF_DT_ID : vcf.h
• BCF_DT_SAMPLE : vcf.h
• BCF_ERR_CTG_UNDEF : vcf.h
• BCF_ERR_NCOLS : vcf.h
• BCF_ERR_TAG_UNDEF : vcf.h
• bcf_float_set_missing : vcf.h
• bcf_float_set_vector_end : vcf.h
• bcf_get_format_char : vcf.h
• bcf_get_format_float : vcf.h
• bcf_get_format_int32 : vcf.h
• bcf_get_genotypes : vcf.h
• bcf_get_info_flag : vcf.h
• bcf_get_info_float : vcf.h
• bcf_get_info_int32 : vcf.h
• bcf_get_info_string : vcf.h
• bcf_gt_allele : vcf.h
• bcf_gt_is_phased : vcf.h
• bcf_gt_missing : vcf.h
• bcf_gt_phased : vcf.h
• bcf_gt_unphased : vcf.h
• bcf_hdr_id2coltype : vcf.h
• bcf_hdr_id2hrec : vcf.h
• bcf_hdr_id2length : vcf.h
• bcf_hdr_id2number : vcf.h
• bcf_hdr_id2type : vcf.h
• bcf_hdr_idinfo_exists : vcf.h
• bcf_hdr_int2id : vcf.h
• bcf_hdr_nsamples : vcf.h
• BCF_HL_CTG : vcf.h
• BCF_HL_FLT : vcf.h
• BCF_HL_FMT : vcf.h
• BCF_HL_GEN : vcf.h
• BCF_HL_INFO : vcf.h
• BCF_HL_STR : vcf.h
• BCF_HT_FLAG : vcf.h
• BCF_HT_INT : vcf.h
• BCF_HT_REAL : vcf.h
• BCF_HT_STR : vcf.h
• bcf_ij2G : vcfutils.h
• bcf_index_load : vcf.h
• bcf_index_seqnames : vcf.h
• bcf_init1 : vcf.h
• bcf_int16_missing : vcf.h
• bcf_int16_vector_end : vcf.h
• bcf_int2acgt : vcfutils.h
• bcf_int32_missing : vcf.h
• bcf_int32_vector_end : vcf.h
• bcf_int8_missing : vcf.h
• bcf_int8_vector_end : vcf.h
• bcf_itr_destroy : vcf.h
• bcf_itr_next : vcf.h
• bcf_itr_queryi : vcf.h
• bcf_itr_querys : vcf.h
• bcf_open : vcf.h
• bcf_read1 : vcf.h
• bcf_sr_get_line : synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_has_line : synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_region_done : synced_bcf_reader.h
• bcf_str_missing : vcf.h
• bcf_str_vector_end : vcf.h
• BCF_UN_ALL : vcf.h
• BCF_UN_FLT : vcf.h
• BCF_UN_FMT : vcf.h
• BCF_UN_IND : vcf.h
• BCF_UN_INFO : vcf.h
• BCF_UN_SHR : vcf.h
• BCF_UN_STR : vcf.h
• bcf_update_format_char : vcf.h
• bcf_update_format_float : vcf.h
• bcf_update_format_int32 : vcf.h
• bcf_update_genotypes : vcf.h
• bcf_update_info_flag : vcf.h
• bcf_update_info_float : vcf.h
• bcf_update_info_int32 : vcf.h
• bcf_update_info_string : vcf.h
• BCF_VL_A : vcf.h
• BCF_VL_FIXED : vcf.h
• BCF_VL_G : vcf.h
• BCF_VL_R : vcf.h
• BCF_VL_VAR : vcf.h
• bcf_write1 : vcf.h
• BENCHMARK : main.cpp
• BGZF_BLOCK_SIZE : bgzf.h
• BGZF_CACHE : config.h
• BGZF_ERR_HEADER : bgzf.h
• BGZF_ERR_IO : bgzf.h
• BGZF_ERR_MISUSE : bgzf.h
• BGZF_ERR_ZLIB : bgzf.h
• bgzf_fdopen : bgzf.h
• BGZF_MAX_BLOCK_SIZE : bgzf.h
• BGZF_MT : config.h
• bgzf_tell : bgzf.h
• bit_array_clear : vcf.c
• bit_array_set : vcf.c
• bit_array_size : vcf.c
• bit_array_test : vcf.c
• BITS : infback.c , inflate.c
• BL_CODES : deflate.h
• BLOCK_APPEND : cram_io.h
• BLOCK_APPEND_CHAR : cram_io.h
• BLOCK_APPENDF_1 : cram_io.h
• BLOCK_APPENDF_2 : cram_io.h
• BLOCK_DATA : cram_io.h
• BLOCK_END : cram_io.h
• BLOCK_FOOTER_LENGTH : bgzf.c
• BLOCK_GROW : cram_io.h
• BLOCK_HEADER_LENGTH : bgzf.c
• BLOCK_RESIZE : cram_io.h
• BLOCK_SIZE : cram_io.h
• BLOCK_UPLEN : cram_io.h
• BOOST_CONTAINER_PRIORITY_DEQUE_ASSERT : priority_deque.hpp
• BRANCH : vcf.c , vcfutils.c , vcf.c , vcfutils.c , vcf.h , vcfutils.c
• BRANCH_INT : vcfutils.c
• BUCKET_A : divsufsort.c , divsufsortxx.h
• BUCKET_A_SIZE : divsufsort.c
• BUCKET_B : divsufsort.c , divsufsortxx.h
• BUCKET_B_SIZE : divsufsort.c
• BUCKET_BSTAR : divsufsortxx.h , divsufsort.c
• Buf_size : deflate.h
• BUSY_STATE : deflate.h
• BYTEBITS : infback.c , inflate.c