Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- b -

• BAD : inflate.h
• BAM_alignment_flags : bam_io.h
• BAM_ALL : bam_io.h
• bam_aux : cram_samtools.h
• BAM_AUX : bam_io.h
• bam_aux2A() : sam.h , sam.c
• bam_aux2f() : sam.h , sam.c
• bam_aux2i() : sam.h , sam.c
• bam_aux2Z() : sam.h , sam.c
• bam_aux_append() : sam.h , sam.c
• bam_aux_del() : sam.h , sam.c
• bam_aux_get() : sam.h , sam.c
• bam_bin : cram_samtools.h
• BAM_BIN : bam_io.h
• bam_blk_size : cram_samtools.h
• BAM_CBACK : sam.h
• BAM_CBASE_MATCH : cram_samtools.h
• BAM_CBASE_MISMATCH : cram_samtools.h
• BAM_CDEL : sam.h
• BAM_CDEL_ : cram_samtools.h
• BAM_CDIFF : sam.h
• BAM_CEQUAL : sam.h
• BAM_CHARD_CLIP : sam.h
• BAM_CHARD_CLIP_ : cram_samtools.h
• bam_cigar : cram_samtools.h
• bam_cigar2qlen() : sam.h , sam.c
• bam_cigar2rlen() : sam.h , sam.c
• bam_cigar_gen : sam.h
• bam_cigar_len : cram_samtools.h
• BAM_CIGAR_MASK : sam.h
• bam_cigar_op : sam.h
• bam_cigar_opchr : sam.h
• bam_cigar_oplen : sam.h
• BAM_CIGAR_SHIFT : sam.h
• BAM_CIGAR_STR : sam.h
• BAM_CIGAR_TYPE : sam.h
• bam_cigar_type : sam.h
• BAM_CIGARS : bam_io.h
• BAM_CINS : sam.h
• BAM_CINS_ : cram_samtools.h
• BAM_CMATCH : sam.h
• BAM_CMATCH_ : cram_samtools.h
• bam_construct_seq() : cram_samtools.c , cram_samtools.h
• bam_copy() : cram_encode.c
• bam_copy1() : sam.h , sam.c
• BAM_CPAD : sam.h
• BAM_CPAD_ : cram_samtools.h
• BAM_CREF_SKIP : sam.h
• BAM_CREF_SKIP_ : cram_samtools.h
• BAM_CSOFT_CLIP : sam.h
• BAM_CSOFT_CLIP_ : cram_samtools.h
• bam_destroy1() : sam.c , sam.h
• bam_dup : cram_samtools.h
• bam_dup1() : sam.h , sam.c
• bam_endpos() : sam.h , sam.c
• BAM_FDUP : sam.h
• BAM_field_masks : bam_io.h
• bam_flag : cram_samtools.h
• bam_flag2str() : sam.h , sam.c
• BAM_FLAGS : bam_io.h
• BAM_FLAGS_DUPLICATE : bam_io.h
• BAM_FLAGS_MATE_REVERSE : bam_io.h
• BAM_FLAGS_MATE_UNMAPPED : bam_io.h
• BAM_FLAGS_PAIRED : bam_io.h
• BAM_FLAGS_PROPER_PAIR : bam_io.h
• BAM_FLAGS_QC_FAILED : bam_io.h
• BAM_FLAGS_READ_1 : bam_io.h
• BAM_FLAGS_READ_2 : bam_io.h
• BAM_FLAGS_REVERSE : bam_io.h
• BAM_FLAGS_SECONDARY : bam_io.h
• BAM_FLAGS_UNMAPPED : bam_io.h
• BAM_FMREVERSE : sam.h
• BAM_FMUNMAP : sam.h
• BAM_FPAIRED : sam.h
• BAM_FPROPER_PAIR : sam.h
• BAM_FQCFAIL : sam.h
• BAM_FREAD1 : sam.h
• BAM_FREAD2 : sam.h
• bam_free : cram_samtools.h
• BAM_FREVERSE : sam.h
• BAM_FSECONDARY : sam.h
• BAM_FSUPPLEMENTARY : sam.h
• BAM_FUNMAP : sam.h
• bam_get_aux : sam.h
• bam_get_cigar : sam.h
• bam_get_l_aux : sam.h
• bam_get_qname : sam.h
• bam_get_qual : sam.h
• bam_get_seq : sam.h
• bam_hdr_destroy() : sam.h , sam.c
• bam_hdr_dup() : sam.h , sam.c
• bam_hdr_init() : sam.h
• bam_hdr_read() : sam.h , sam.c
• bam_hdr_write() : sam.h , sam.c
• bam_header_to_cram() : cram_samtools.c , cram_samtools.h
• bam_index_build() : sam.h , sam.c
• bam_index_load : sam.h
• bam_init1() : sam.h , sam.c
• bam_ins_size : cram_samtools.h
• bam_is_mrev : sam.h
• bam_is_rev : sam.h
• bam_itr_destroy : sam.h
• bam_itr_next : sam.h
• bam_itr_queryi : sam.h
• bam_itr_querys : sam.h
• bam_map_qual : cram_samtools.h
• BAM_MAPQ : bam_io.h
• bam_mate_pos : cram_samtools.h
• bam_mate_ref : cram_samtools.h
• bam_mplp_auto() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_destroy() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_init() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_init_overlaps() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_set_maxcnt() : sam.h , sam.c
• bam_mplp_t : sam.h
• bam_name : cram_samtools.h
• bam_name2id() : sam.h , sam.c
• bam_name_len : cram_samtools.h
• BAM_NAMES : bam_io.h
• bam_plp_auto() : sam.h , sam.c
• bam_plp_auto_f : sam.h
• bam_plp_destroy() : sam.h , sam.c
• bam_plp_init() : sam.h , sam.c
• bam_plp_init_overlaps() : sam.c
• bam_plp_next() : sam.h , sam.c
• bam_plp_push() : sam.h , sam.c
• bam_plp_reset() : sam.h , sam.c
• bam_plp_set_maxcnt() : sam.h , sam.c
• bam_plp_t : sam.h
• bam_pos : cram_samtools.h
• BAM_POSITIONS : bam_io.h
• bam_qual : cram_samtools.h
• BAM_QUALITIES : bam_io.h
• bam_read1() : sam.h , sam.c
• BAM_READS : bam_io.h
• bam_ref : cram_samtools.h
• BAM_REFIDS : bam_io.h
• bam_reg2bin : cram_samtools.h
• bam_seq : cram_samtools.h
• bam_seq_len : cram_samtools.h
• bam_seq_t : cram_samtools.h
• bam_seqi : sam.h
• bam_set_blk_size : cram_samtools.h
• bam_str2flag() : sam.h , sam.c
• bam_write1() : sam.h , sam.c
• banded_sw() : ssw.cpp
• BASE : adler32.c
• base_dist : trees.c , trees.h
• base_length : trees.c , trees.h
• BCF1_DIRTY_ALS : vcf.h
• BCF1_DIRTY_FLT : vcf.h
• BCF1_DIRTY_ID : vcf.h
• BCF1_DIRTY_INF : vcf.h
• bcf_add_filter() : vcf.h , vcf.c
• bcf_alleles2gt : vcf.h
• BCF_BT_CHAR : vcf.h
• BCF_BT_FLOAT : vcf.h
• BCF_BT_INT16 : vcf.h
• BCF_BT_INT32 : vcf.h
• BCF_BT_INT8 : vcf.h
• BCF_BT_NULL : vcf.h
• bcf_calc_ac() : vcfutils.h , vcfutils.c
• bcf_clear() : vcf.h , vcf.c
• bcf_clear1 : vcf.h
• bcf_close : vcf.h
• bcf_destroy() : vcf.h
• bcf_destroy1 : vcf.h , vcf.c
• BCF_DT_CTG : vcf.h
• BCF_DT_ID : vcf.h
• BCF_DT_SAMPLE : vcf.h
• bcf_dup() : vcf.h , vcf.c
• bcf_empty() : vcf.h
• bcf_empty1() : vcf.c , vcf_sweep.c
• bcf_enc_vchar() : vcf.h , vcf.c
• bcf_enc_vfloat() : vcf.h , vcf.c
• bcf_enc_vint() : vcf.h , vcf.c
• BCF_ERR_CTG_UNDEF : vcf.h
• BCF_ERR_NCOLS : vcf.h
• BCF_ERR_TAG_UNDEF : vcf.h
• bcf_float_missing : vcf.h
• bcf_float_set_missing : vcf.h
• bcf_float_set_vector_end : vcf.h
• bcf_float_vector_end : vcf.h
• bcf_fmt_array() : vcf.h , vcf.c
• bcf_fmt_sized_array() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_fmt() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_format_char : vcf.h
• bcf_get_format_float : vcf.h
• bcf_get_format_int32 : vcf.h
• bcf_get_format_string() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_format_values() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_genotypes : vcf.h
• bcf_get_info() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_info_flag : vcf.h
• bcf_get_info_float : vcf.h
• bcf_get_info_int32 : vcf.h
• bcf_get_info_string : vcf.h
• bcf_get_info_values() : vcf.h , vcf.c
• bcf_get_variant_type() : vcf.c , vcf.h
• bcf_get_variant_types() : vcf.h , vcf.c
• bcf_gt_allele : vcf.h
• bcf_gt_is_phased : vcf.h
• bcf_gt_missing : vcf.h
• bcf_gt_phased : vcf.h
• bcf_gt_type() : vcfutils.h , vcfutils.c
• bcf_gt_unphased : vcf.h
• bcf_has_filter() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_add_hrec() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_add_sample() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_append() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_check_sanity() : vcf.c
• bcf_hdr_combine() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_destroy() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_dup() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_fmt_text() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_get_hrec() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_get_version() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_id2coltype : vcf.h
• bcf_hdr_id2hrec : vcf.h
• bcf_hdr_id2int() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_id2length : vcf.h
• bcf_hdr_id2number : vcf.h
• bcf_hdr_id2type : vcf.h
• bcf_hdr_idinfo_exists : vcf.h
• bcf_hdr_init() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_int2id : vcf.h
• bcf_hdr_nsamples : vcf.h
• bcf_hdr_parse() : vcf.c
• bcf_hdr_parse_line() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_parse_sample_line() : vcf.c
• bcf_hdr_printf() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_read() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_register_hrec() : vcf.c
• bcf_hdr_remove() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_seqnames() : vcf.c , vcf.h
• bcf_hdr_set() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_set_samples() : vcf.c , vcf.h
• bcf_hdr_set_version() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hdr_subset() : vcf.c , vcf.h
• bcf_hdr_sync() : vcf.c
• bcf_hdr_write() : vcf.h , vcf.c
• bcf_header_debug() : vcf.c
• BCF_HL_CTG : vcf.h
• BCF_HL_FLT : vcf.h
• BCF_HL_FMT : vcf.h
• BCF_HL_GEN : vcf.h
• BCF_HL_INFO : vcf.h
• BCF_HL_STR : vcf.h
• bcf_hrec_add_key() : vcf.c , vcf.h
• bcf_hrec_debug() : vcf.c
• bcf_hrec_destroy() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_dup() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_find_key() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_format() : vcf.h , vcf.c
• bcf_hrec_set_val() : vcf.h , vcf.c
• BCF_HT_FLAG : vcf.h
• BCF_HT_INT : vcf.h
• BCF_HT_REAL : vcf.h
• BCF_HT_STR : vcf.h
• bcf_ij2G : vcfutils.h
• bcf_index() : vcf.c
• bcf_index_build() : vcf.h , vcf.c
• bcf_index_load : vcf.h
• bcf_index_seqnames : vcf.h
• bcf_init() : vcf.h
• bcf_init1 : vcf.h , vcf.c
• bcf_int16_missing : vcf.h
• bcf_int16_vector_end : vcf.h
• bcf_int2acgt : vcfutils.h
• bcf_int32_missing : vcf.h
• bcf_int32_vector_end : vcf.h
• bcf_int8_missing : vcf.h
• bcf_int8_vector_end : vcf.h
• bcf_is_snp() : vcf.c , vcf.h
• bcf_itr_destroy : vcf.h
• bcf_itr_next : vcf.h
• bcf_itr_queryi : vcf.h
• bcf_itr_querys : vcf.h
• bcf_open : vcf.h
• bcf_read() : vcf.h , vcf.c
• bcf_read1 : vcf.h
• bcf_readrec() : vcf.h , vcf.c
• bcf_remove_alleles() : vcfutils.c , vcfutils.h
• bcf_remove_filter() : vcf.h , vcf.c
• bcf_sr_add_reader() : synced_bcf_reader.c , synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_destroy() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_get_line : synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_has_line : synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_init() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_next_line() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_region_done : synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_regions_destroy() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_flush() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_init() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_next() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_overlap() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_seek() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_regions_t : synced_bcf_reader.h
• bcf_sr_remove_reader() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_seek() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_set_regions() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_set_samples() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_sr_set_targets() : synced_bcf_reader.h , synced_bcf_reader.c
• bcf_str_missing : vcf.h
• bcf_str_vector_end : vcf.h
• bcf_subset() : vcf.h , vcf.c
• bcf_subset_format() : vcf.h , vcf.c
• bcf_sweep_bwd() : vcf_sweep.h , vcf_sweep.c
• bcf_sweep_destroy() : vcf_sweep.h , vcf_sweep.c
• bcf_sweep_fwd() : vcf_sweep.h , vcf_sweep.c
• bcf_sweep_hdr() : vcf_sweep.c , vcf_sweep.h
• bcf_sweep_init() : vcf_sweep.h , vcf_sweep.c
• bcf_sweep_t : vcf_sweep.h
• bcf_translate() : vcf.h , vcf.c
• bcf_trim_alleles() : vcfutils.h , vcfutils.c
• bcf_type_shift : vcf.h
• BCF_UN_ALL : vcf.h
• BCF_UN_FLT : vcf.h
• BCF_UN_FMT : vcf.h
• BCF_UN_IND : vcf.h
• BCF_UN_INFO : vcf.h
• BCF_UN_SHR : vcf.h
• BCF_UN_STR : vcf.h
• bcf_unpack() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_alleles() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_alleles_str() : vcf.h , vcf.c
• bcf_update_filter() : vcf.h , vcf.c
• bcf_update_format() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_format_char : vcf.h
• bcf_update_format_float : vcf.h
• bcf_update_format_int32 : vcf.h
• bcf_update_format_string() : vcf.h , vcf.c
• bcf_update_genotypes : vcf.h
• bcf_update_id() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_info() : vcf.c , vcf.h
• bcf_update_info_flag : vcf.h
• bcf_update_info_float : vcf.h
• bcf_update_info_int32 : vcf.h
• bcf_update_info_string : vcf.h
• BCF_VL_A : vcf.h
• BCF_VL_FIXED : vcf.h
• BCF_VL_G : vcf.h
• BCF_VL_R : vcf.h
• BCF_VL_VAR : vcf.h
• bcf_write() : vcf.h , vcf.c
• bcf_write1 : vcf.h
• BENCHMARK : main.cpp
• benchmark_priority_queue() : main.cpp
• BGZF : hts.h , bgzf.h
• BGZF_BLOCK_SIZE : bgzf.h
• BGZF_CACHE : config.h
• bgzf_check_EOF() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_close() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_dopen() : bgzf.h , bgzf.c
• BGZF_ERR_HEADER : bgzf.h
• BGZF_ERR_IO : bgzf.h
• BGZF_ERR_MISUSE : bgzf.h
• BGZF_ERR_ZLIB : bgzf.h
• bgzf_fdopen : bgzf.h
• bgzf_flush() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_flush_try() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_getc() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_getline() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_hopen() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_index_add_block() : bgzf.c
• bgzf_index_build_init() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_index_destroy() : bgzf.c
• bgzf_index_dump() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_index_load() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_is_bgzf() : bgzf.h , bgzf.c
• BGZF_MAX_BLOCK_SIZE : bgzf.h
• BGZF_MT : config.h
• bgzf_mt() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_open() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_raw_read() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_raw_write() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_read() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_read_block() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_seek() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_set_cache_size() : bgzf.h , bgzf.c
• bgzf_tell : bgzf.h
• bgzf_useek() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_utell() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzf_write() : bgzf.c , bgzf.h
• bgzidx_t : bgzf.h
• bi_flush() : trees.c
• bi_reverse() : trees.c
• bi_windup() : trees.c
• bit_array_clear : vcf.c
• bit_array_set : vcf.c
• bit_array_size : vcf.c
• bit_array_test : vcf.c
• BITS : inflate.c , infback.c
• BL_CODES : deflate.h
• bl_order : trees.c
• BLOCK_APPEND : cram_io.h
• BLOCK_APPEND_CHAR : cram_io.h
• BLOCK_APPENDF_1 : cram_io.h
• BLOCK_APPENDF_2 : cram_io.h
• BLOCK_DATA : cram_io.h
• block_done : deflate.c
• BLOCK_END : cram_io.h
• BLOCK_FOOTER_LENGTH : bgzf.c
• BLOCK_GROW : cram_io.h
• BLOCK_HEADER_LENGTH : bgzf.c
• BLOCK_RESIZE : cram_io.h
• BLOCK_SIZE : cram_io.h
• block_state : deflate.c
• BLOCK_UPLEN : cram_io.h
• blockIndependent : lz4frame.h
• blockLinked : lz4frame.h
• blockMode_t : lz4frame.h
• blockSizeID_t : lz4frame.h
• BM_ERROR : cram_structs.h
• BOOST_CONTAINER_PRIORITY_DEQUE_ASSERT : priority_deque.hpp
• BRANCH : vcf.c , vcfutils.c , vcf.h , vcfutils.c , vcf.c , vcfutils.c
• BRANCH_INT : vcfutils.c
• BUCKET_A : divsufsortxx.h , divsufsort.c
• BUCKET_A_SIZE : divsufsort.c
• BUCKET_B : divsufsortxx.h , divsufsort.c
• BUCKET_B_SIZE : divsufsort.c
• BUCKET_BSTAR : divsufsortxx.h , divsufsort.c
• Buf_size : deflate.h
• build_bl_tree() : trees.c
• build_tree() : trees.c
• BUSY_STATE : deflate.h
• bwt_test() : nvbio-test.cpp , bwt_test.cpp
• byPtr : lz4.c
• BYTE : xxhash.c , lz4frame.c
• Byte : zconf.h
• BYTE : lz4.c
• Byte : zconf.h
• BYTEBITS : inflate.c , infback.c
• Bytef : zconf.h
• byU16 : lz4.c
• byU32 : lz4.c
• BZIP2 : cram_structs.h