Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- s -

• S32 : lz4.c , lz4frame.c , xxhash.c
• S_ISDIR : files.c
• S_ISREG : files.c
• s_profile : ssw.h
• s_verbosity : console.cpp
• sam_close : sam.h
• sam_format1() : sam.h , sam.c
• sam_hdr_add() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_add_lines() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_add_PG() : sam_header.h , sam_header.c
• sam_hdr_decr_ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_dump() : sam_header.c
• sam_hdr_dup() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_key() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_line() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_rg() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_free() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_incr_ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_length() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_link_pg() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_name2ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_new() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_parse() : sam_header.c , sam_header.h , sam.h , sam.c
• sam_hdr_PG_ID() : sam_header.c
• sam_hdr_read() : sam.h , sam.c
• sam_hdr_rebuild() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_str() : sam_header.c , sam_header.h
• SAM_hdr_tag : sam_header.h
• SAM_hdr_type : sam_header.h
• sam_hdr_update() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_vadd() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_write() : sam.h , sam.c
• sam_index_load() : sam.h , sam.c
• sam_itr_destroy : sam.h
• sam_itr_next : sam.h
• sam_itr_queryi() : sam.h , sam.c
• sam_itr_querys() : sam.h , sam.c
• sam_open : sam.h
• sam_open_mode() : sam.h , sam.c
• sam_parse1() : sam.h , sam.c
• sam_read1() : sam.h , sam.c
• sam_write1() : sam.h , sam.c
• samFile : sam.h
• SAMPLED_KMERS : bloom_filters.h
• scan_tree() : trees.c
• SEEK_CUR : zconf.h
• SEEK_END : zconf.h
• SEEK_SET : zconf.h
• segmented_sort_super_kmers_lexicographic() : kmers_inl.h
• send_all_trees() : trees.c
• send_bits : trees.c
• send_code : trees.c
• send_tree() : trees.c
• seq_nt16_str : hts.c , hts.h
• seq_nt16_table : hts.c , hts.h
• seq_reverse() : ssw.cpp
• SEQS_PER_SLICE : cram_structs.h
• SequenceSetKmerCoord : assembly_types.h
• SET : md5.c
• set_d : ssw.cpp
• set_u : ssw.cpp
• set_verbosity() : console.cpp , console.h
• SINGLE_CTA_SCAN : work_queue_ordered_inl.h
• SLICE_PER_CNT : cram_structs.h
• smaller : trees.c
• SMALLEST : trees.c
• sort_kmers_lexicographic() : kmers_inl.h
• SP_LITTLE_ENDIAN : os.h
• spare_bams : cram_structs.h
• SS_BLOCKSIZE : divsufsort.c
• SS_INSERTIONSORT_THRESHOLD : divsufsort.c
• SS_MISORT_STACKSIZE : divsufsort.c
• SS_SMERGE_STACKSIZE : divsufsort.c
• ssw_align() : ssw.cpp , ssw.h
• ssw_init() : ssw.h , ssw.cpp
• STACK_POP : divsufsort.c
• STACK_POP3 : divsufsortxx.h
• STACK_POP4 : divsufsortxx.h
• STACK_POP5 : divsufsort.c
• STACK_PUSH : divsufsort.c
• STACK_PUSH3 : divsufsortxx.h
• STACK_PUSH4 : divsufsortxx.h
• STACK_PUSH5 : divsufsort.c
• STACK_SIZE : divsufsort.c
• static_bl_desc : trees.c
• static_d_desc : trees.c
• static_dtree : trees.h , trees.c
• static_l_desc : trees.c
• static_ltree : trees.c , trees.h
• static_tree_desc : deflate.h
• STATIC_TREES : zutil.h
• STEP : md5.c
• STEPSIZE : lz4.c
• STORED : inflate.h
• STORED_BLOCK : zutil.h
• STRAT2 : cram_encode.c
• string_alloc() : string_alloc.h , string_alloc.c
• string_dup() : string_alloc.h , string_alloc.c
• string_ndup() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_pool_create() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_pool_destroy() : string_alloc.c , string_alloc.h
• stringify_argv() : sam_header.h , sam_header.c
• STRNCMP : sam.c
• sufcheck() : suftest.c
• SW_BWD : vcf_sweep.c
• SW_F_INITIALIZED_TO_INF : gotoh_banded_inl.h
• SW_FWD : vcf_sweep.c
• sw_sse2_byte() : ssw.cpp
• sw_sse2_word() : ssw.cpp
• SWAP : divsufsort.c
• SYNC : inflate.h
• syncsearch() : inflate.c